含氟聚合物是一类含碳氟键的聚合物，具有高度耐苛刻环境特性。市售的含氟聚合物包括Teflon^™（PTFE）、Halar^®（ECTFE）和Kel-F^®（PCTFE）。含氟聚合物的激光加工使用10.6或9.3微米CO₂激光器都可能进行，在加工质量上没有明显的差异。含氟聚合物不太容易吸收1.06微米光纤激光的能量，不推荐用于这类材料。使用CO₂激光器进行含氟聚合物的激光切割，得到干净的切缘，沿切割路径的熔融很少。使用CO₂激光器进行聚酯的激光雕刻，得到一定的深度和高对比度，在蚀除点只有很有限的回熔。